实例介绍
【实例截图】
【核心代码】
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open misa.pl results file (*.misa) !\n\n"); my $filename = $ARGV[0]; $filename =~ s/\.misa//; open (SRC,"<$filename") || die ("\nError: Couldn't open source file containing original FASTA sequences !\n\n"); open (OUT,">$filename.p3in"); while (<SRC>){ chomp; if (/^>(\S )/){ $id=$1; }else{ $seq{$id}.=$_; } } while(<IN>){ next unless (/(\S )\t(\d )\t\S \t\S \t(\d )\t(\d )\t\d /g); my ($id,$ssr_nr,$size,$start) = ($1,$2,$3,$4); $count ; print OUT "SEQUENCE_ID=$id"."_$ssr_nr\nSEQUENCE_TEMPLATE=$seq{$id}\n"; print OUT "PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-280\n"; print OUT "SEQUENCE_TARGET=",$start-3,",",$size 6,"\n"; print OUT "PRIMER_MAX_END_STABILITY=250\n=\n" } print "\n$count records created.\n"; close IN; close SRC; close OUT;
标签: primer3
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