脑预处理(rs-fMRI)

【实例简介】Resting-state functional magnetic resonance imaging *rs-fMRI* is a repository of code for preprocessing, denoising, and running quality control on resting-state fMRI datasets, using Matlab.
【实例截图】

【核心代码】

rs-fMRI-master

├── Freesurfer
│   └── GetRibbonTS.sh
├── LICENSE.txt
├── README.md
├── func
│   ├── BF_JitteredParallelScatter.m
│   ├── BF_NormalizeMatrix.m
│   ├── BF_PlotQuantiles.m
│   ├── BF_getcmap.m
│   ├── ButterFilt.m
│   ├── CompCor.m
│   ├── CoregT12EPI.m
│   ├── FirstLevelContrasts.m
│   ├── FirstLevelGLM.m
│   ├── GetDVARS.m
│   ├── GetDerivatives.m
│   ├── GetDistCorr.m
│   ├── GetExcludeForSample.m
│   ├── GetFCForSample.m
│   ├── GetFDJenk.m
│   ├── GetFDPower.m
│   ├── GetFDVanD.m
│   ├── GetICC.m
│   ├── GetROIDist.m
│   ├── GetScrubbingForSample.m
│   ├── GetSpikeRegressors.m
│   ├── GetTDOF.m
│   ├── GetTMat.m
│   ├── GetTSCompartment.m
│   ├── GetTSNRForSample.m
│   ├── GetTStats.m
│   ├── IntensityNormalise.m
│   ├── JP12_GetScrubMask.m
│   ├── JP14_GetScrubMask.m
│   ├── JP14_demean_detrend.m
│   ├── JP14_getTransform.m
│   ├── JP14_regress_nuisance.m
│   ├── LP_FlatMat.m
│   ├── LP_SquareVec.m
│   ├── PlotMotion.m
│   ├── RealignEPI.m
│   ├── RunQCFC.m
│   ├── SegmentT1.m
│   ├── SlicetimeEPI.m
│   ├── SmoothEPI.m
│   ├── SpatialNormalisationANTs.m
│   ├── SpatialNormalisationSPM.m
│   ├── TheBarChart.m
│   ├── ThePlot.m
│   ├── TheTMatrixPlot.m
│   ├── antsRegistrationSyN.sh
│   ├── antsRegistrationSyNFDown.sh
│   ├── antsRegistrationSyNFDownQuick.sh
│   ├── antsRegistrationSyNQuick.sh
│   ├── pca_stats.m
│   ├── plotClassifiedEdges.m
│   ├── read.m
│   └── write.m
├── prepare_figshare.sh
├── prepro
│   ├── CompileTS.m
│   ├── MASSIVE_Job.sh
│   ├── getMoreTS.m
│   ├── prepro_base.m
│   ├── prepro_extractTS_FSL.m
│   ├── prepro_noise.m
│   └── run_prepro.m
├── prepro-hcp
│   ├── HCP_run_prepro.m
│   └── MASSIVE_Job_M3.sh
├── qc
│   ├── QC.m
│   ├── QC_SaveDVARS.m
│   └── QC_ThePlot.m
├── stats
│   ├── parcellation
│   │   └── nbs
│   │       ├── ComputeWholeBrainDiff.m
│   │       ├── MASSIVE_Job.sh
│   │       └── MASSIVE_Setup.sh
│   ├── seed
│   │   ├── firstlevel
│   │   │   └── SeedBased_func.m
│   │   └── secondlevel
│   │       ├── Regression.m
│   │       ├── TwoSampleT.m
│   │       └── factorial
│   │           └── FactorialSPM.m
│   └── spDCM
│       ├── MASSIVE_Job.sh
│       ├── README.md
│       ├── spDCM_FirstLevel.m
│       ├── spDCM_GenerateSearchVolumes.m
│       ├── spDCM_GenerateSubjectNodes.m
│       └── spDCM_SecondLevel.m
└── xnat-get_dcm2niix.sh

13 directories, 83 files