分布估计算法matlab工具箱

【实例简介】
Mateda2.0一个非常好用的分布估计算法matlab工具箱，For a preliminary explanation of Mateda2.0 see the file Mateda2.0-UserGuide.pdf in this directory. General documentation about the programs is available in the /doc directory or from: http://www.sc.ehu.es/ccwbayes/members/rsantana/software/matlab/MATEDA.html MATEDA-2
【实例截图】
【核心代码】
IntEDA.tar
└── Mateda2.0
├── InitEnvironments.m
├── Mateda2.0-UserGuide.pdf
├── RunEDA.m
├── ScriptsMateda
│   ├── AnalysisScripts
│   │   ├── BN_ParallelCoords.m
│   │   ├── BN_StructureFiltering.m
│   │   ├── BN_StructureHierClustering.m
│   │   ├── BN_StructureVisualization.m
│   │   └── FitnessMeasuresComp.m
│   ├── FitnessModScripts
│   │   ├── BN_MPCsFitness.m
│   │   ├── BN_Prediction.m
│   │   └── BN_kMPCs.m
│   ├── OptimizationScripts
│   │   ├── AffEDA_Deceptive3.m
│   │   ├── BayesianTree_IsingModel.m
│   │   ├── DefaultEDA_NKRandom.m
│   │   ├── DefaultEDA_OneMax.m
│   │   ├── DefaultEDA_TrapFunction.m
│   │   ├── EBNA_Deceptive3.m
│   │   ├── EBNA_MultiObj_SAT.m
│   │   ├── EBNA_PLS_MPC_NKRandom.m
│   │   ├── GaussianMultivariate_OfflineHPProtein.m
│   │   ├── GaussianNetwork_OfflineHPProtein.m
│   │   ├── GaussianUMDA_ContSumFunction.m
│   │   ├── GaussianUMDA_OfflineHPProtein.m
│   │   ├── MOA_Deceptive3.m
│   │   ├── MixtureGaussianEDAs_OfflineHP.m
│   │   ├── MixtureGaussianEDAs_trajectory.m
│   │   ├── MkFDA_HPProtein.m
│   │   ├── TreeFDA_Deceptive3.m
│   │   ├── TreeFDA_HPProtein.m
│   │   ├── UMDA_OneMax.m
│   │   └── VariantsGaussianEDAs_trajectory.m
│   └── ReadmeScripts.txt
├── doc
│   ├── MATEDA.html
│   ├── MATEDA1.0.html
│   ├── MATEDA_files
│   │   └── email1.jpg
│   ├── Mateda2.0
│   │   ├── InitEnvironments.html
│   │   ├── RunEDA.html
│   │   ├── ScriptsMateda
│   │   │   ├── AnalysisScripts
│   │   │   │   ├── BN_ParallelCoords.html
│   │   │   │   ├── BN_StructureFiltering.html
│   │   │   │   ├── BN_StructureHierClustering.html
│   │   │   │   ├── BN_StructureVisualization.html
│   │   │   │   ├── FitnessMeasuresComp.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── FitnessModScripts
│   │   │   │   ├── BN_MPCsFitness.html
│   │   │   │   ├── BN_Prediction.html
│   │   │   │   ├── BN_kMPCs.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   └── OptimizationScripts
│   │   │   ├── AffEDA_Deceptive3.html
│   │   │   ├── BayesianTree_IsingModel.html
│   │   │   ├── DefaultEDA_NKRandom.html
│   │   │   ├── DefaultEDA_OneMax.html
│   │   │   ├── DefaultEDA_TrapFunction.html
│   │   │   ├── EBNA_Deceptive3.html
│   │   │   ├── EBNA_MultiObj_SAT.html
│   │   │   ├── EBNA_PLS_MPC_NKRandom.html
│   │   │   ├── GaussianMultivariate_OfflineHPProtein.html
│   │   │   ├── GaussianNetwork_OfflineHPProtein.html
│   │   │   ├── GaussianUMDA_ContSumFunction.html
│   │   │   ├── GaussianUMDA_OfflineHPProtein.html
│   │   │   ├── MOA_Deceptive3.html
│   │   │   ├── MixtureGaussianEDAs_OfflineHP.html
│   │   │   ├── MixtureGaussianEDAs_trajectory.html
│   │   │   ├── MkFDA_HPProtein.html
│   │   │   ├── TreeFDA_Deceptive3.html
│   │   │   ├── TreeFDA_HPProtein.html
│   │   │   ├── UMDA_OneMax.html
│   │   │   ├── VariantsGaussianEDAs_trajectory.html
│   │   │   └── index.html
│   │   ├── functions
│   │   │   ├── EvaluateGeneralFunction.html
│   │   │   ├── PartialEvaluateGeneralFunction.html
│   │   │   ├── SumEvaluateGeneralFunction.html
│   │   │   ├── SumPartialEvaluateGeneralFunction.html
│   │   │   ├── decomposable
│   │   │   │   ├── Deceptive3.html
│   │   │   │   ├── Trapn.html
│   │   │   │   ├── evalfuncdec3.html
│   │   │   │   ├── evalfunctrapn.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── generators
│   │   │   │   ├── AllNKInstances.html
│   │   │   │   ├── CreateGaussianValuesForFactors.html
│   │   │   │   ├── CreateListFactorsCircularNK.html
│   │   │   │   ├── CreateListFactorsNK.html
│   │   │   │   ├── CreateNKFunctions.html
│   │   │   │   ├── CreateRandomFunctions.html
│   │   │   │   ├── ReadFactorGraphFromData.html
│   │   │   │   ├── ReadFunctionsFromData.html
│   │   │   │   ├── SaveFunctionStructure.html
│   │   │   │   ├── SaveFunctionValues.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   ├── ising-model
│   │   │   │   ├── EvalIsing.html
│   │   │   │   ├── IsingModel.html
│   │   │   │   ├── LoadIsing.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── protein
│   │   │   │   ├── CallBackTracking.html
│   │   │   │   ├── CheckConstraint.html
│   │   │   │   ├── CreateFibbInitConf.html
│   │   │   │   ├── EvalChain.html
│   │   │   │   ├── EvalChainFunctional.html
│   │   │   │   ├── EvaluateEnergy.html
│   │   │   │   ├── EvaluateEnergyFunctional.html
│   │   │   │   ├── EvaluateOffHPProtein.html
│   │   │   │   ├── HP_newrepairing.html
│   │   │   │   ├── HP_repairing.html
│   │   │   │   ├── MakePajekGraphOfProtein.html
│   │   │   │   ├── NewFeasible.html
│   │   │   │   ├── OffFindPos.html
│   │   │   │   ├── OffPrintProtein.html
│   │   │   │   ├── PrintProtein.html
│   │   │   │   ├── PutMoveAtPos.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── sat
│   │   │   │   ├── EvaluateSAT.html
│   │   │   │   ├── LoadRandom3SAT.html
│   │   │   │   ├── MakeConfObjectivesFormulas.html
│   │   │   │   ├── MakeIndObjectivesFormulas.html
│   │   │   │   ├── MakeRandomFormulas.html
│   │   │   │   ├── MakeVarDepFormulas.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   └── trajectory
│   │   │   ├── EvalSaga.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── mga_dsm.html
│   │   ├── index.html
│   │   ├── knowledge_extraction
│   │   │   ├── Amount_of_selection.html
│   │   │   ├── BN_Fitness_Corr.html
│   │   │   ├── BN_Pop_Prob.html
│   │   │   ├── Find_Fitness_Approx.html
│   │   │   ├── Generations_entropy.html
│   │   │   ├── Individuals_entropy.html
│   │   │   ├── Mean_Var_Objectives.html
│   │   │   ├── Most_probable_explanations.html
│   │   │   ├── ObjectiveDistribution.html
│   │   │   ├── Pareto-approximations
│   │   │   │   ├── ComputeC_Metric.html
│   │   │   │   ├── ComputeDistanceToPoint.html
│   │   │   │   ├── ComputeDiversity.html
│   │   │   │   ├── ComputeSchottsSpacingMetric.html
│   │   │   │   └── index.html
│   │   │   ├── Probability_monitor.html
│   │   │   ├── Realized_heritability.html
│   │   │   ├── Response_to_selection.html
│   │   │   ├── entropy.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── visualization
│   │   │   ├── ClusterUsingCorr.html
│   │   │   ├── ClusterUsingDist.html
│   │   │   ├── ConvertFromIndex.html
│   │   │   ├── ExtractSubstructures.html
│   │   │   ├── Find_indexmatrix.html
│   │   │   ├── MakePajekDynGraphFromDags.html
│   │   │   ├── MakePajekGraphFromDag.html
│   │   │   ├── ReadBNStructures.html
│   │   │   ├── ReadMNStructures.html
│   │   │   ├── ReadStructures.html
│   │   │   ├── SelectEdgesToShow.html
│   │   │   ├── ShowImage.html
│   │   │   ├── ShowParallelCoord.html
│   │   │   ├── ViewDenDroStruct.html
│   │   │   ├── ViewEdgDepStruct.html
│   │   │   ├── ViewGlyphStruct.html
│   │   │   ├── ViewInGenStruct.html
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│   │   │   ├── ViewStructuresFromFile.html
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│   │   │   └── index.html
│   │   ├── learning
│   │   │   ├── CreateMarkovModel.html
│   │   │   ├── CreateTreeStructure.html
│   │   │   ├── FactAffinity.html
│   │   │   ├── FactAffinityElim.html
│   │   │   ├── FindMargProb.html
│   │   │   ├── FindNeighborhood.html
│   │   │   ├── LearnBN.html
│   │   │   ├── LearnFDA.html
│   │   │   ├── LearnFDAParameters.html
│   │   │   ├── LearnGaussianFullModel.html
│   │   │   ├── LearnGaussianNetwork.html
│   │   │   ├── LearnGaussianUnivModel.html
│   │   │   ├── LearnMOAModel.html
│   │   │   ├── LearnMOAParameters.html
│   │   │   ├── LearnMOAProb.html
│   │   │   ├── LearnMargProdModel.html
│   │   │   ├── LearnMixtureofFullGaussianModels.html
│   │   │   ├── LearnMixtureofUnivGaussianModels.html
│   │   │   ├── LearnTModel.html
│   │   │   ├── LearnTreeModel.html
│   │   │   └── index.html
│   │   ├── local_optimization
│   │   │   ├── Greedy_search_OffHP.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── local_search_OffHP.html
│   │   ├── ordering
│   │   │   ├── ParetoRank_ordering.html
│   │   │   ├── Pareto_ordering.html
│   │   │   ├── fitness_ordering.html
│   │   │   └── index.html
│   │   ├── otherfiles
│   │   │   ├── ClusterPointsAffinity.html
│   │   │   ├── ClusterPointsKmeans.html
│   │   │   ├── FindAccCard.html
│   │   │   ├── FindListCard.html
│   │   │   ├── FindListCliqAccCard.html
│   │   │   ├── FindParetoSetOld.html
│   │   │   ├── IndexconvertCard.html
│   │   │   ├── IntMutualInf.html
│   │   │   ├── IntMutualInfFromMargProb.html
│   │   │   ├── LaplaceEstimator.html
│   │   │   ├── NumconvertCard.html
│   │   │   ├── apcluster.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   ├── reducemat.html
│   │   │   └── sus.html
│   │   ├── repairing
│   │   │   ├── SetInBounds_repairing.html
│   │   │   ├── SetWithinBounds_repairing.html
│   │   │   ├── Trigom_repairing.html
│   │   │   └── index.html
│   │   ├── replacement
│   │   │   ├── RT_replacement.html
│   │   │   ├── best_elitism.html
│   │   │   ├── elitism.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── pop_agregation.html
│   │   ├── sampling
│   │   │   ├── FindMPE.html
│   │   │   ├── Find_kMPEs.html
│   │   │   ├── MNGibbsGenerateIndividual.html
│   │   │   ├── MOAGenerateIndividual.html
│   │   │   ├── MOAGeneratePopulation.html
│   │   │   ├── SampleBN.html
│   │   │   ├── SampleFDA.html
│   │   │   ├── SampleGaussianFullModel.html
│   │   │   ├── SampleGaussianUnivModel.html
│   │   │   ├── SampleMPE_BN.html
│   │   │   ├── SampleMixtureofFullGaussianModels.html
│   │   │   ├── SampleMixtureofUnivGaussianModels.html
│   │   │   └── index.html
│   │   ├── seeding
│   │   │   ├── Bias_Init.html
│   │   │   ├── RandomInit.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   ├── seed_thispop.html
│   │   │   └── seeding_unitation_constraint.html
│   │   ├── selection
│   │   │   ├── FindParetoSet.html
│   │   │   ├── NonDominated_selection.html
│   │   │   ├── ParetoFront_selection.html
│   │   │   ├── exp_selection.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   ├── prop_selection.html
│   │   │   └── truncation_selection.html
│   │   ├── statistics
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── simple_pop_statistics.html
│   │   ├── stop_conditions
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── maxgen_maxval.html
│   │   └── verbose
│   │   ├── index.html
│   │   └── simple_verbose.html
│   ├── alpha.png
│   ├── c++.png
│   ├── c.png
│   ├── demoicon.gif
│   ├── down.png
│   ├── fortran.png
│   ├── hp.png
│   ├── index.html
│   ├── left.png
│   ├── linux.png
│   ├── m2html.css
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│   ├── menu.html
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│   ├── solaris.png
│   ├── up.png
│   └── windows.png
├── functions
│   ├── EvaluateGeneralFunction.m
│   ├── PartialEvaluateGeneralFunction.m
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│   ├── SumPartialEvaluateGeneralFunction.m
│   ├── decomposable
│   │   ├── Deceptive3.m
│   │   ├── Trapn.m
│   │   ├── evalfuncdec3.m
│   │   └── evalfunctrapn.m
│   ├── generators
│   │   ├── AllNKInstances.m
│   │   ├── CreateGaussianValuesForFactors.m
│   │   ├── CreateListFactorsCircularNK.m
│   │   ├── CreateListFactorsNK.m
│   │   ├── CreateNKFunctions.m
│   │   ├── CreateRandomFunctions.m
│   │   ├── NK_instances
│   │   │   ├── testNK_fnt_N50_k10Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_fnt_N50_k4Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_fnt_N50_k5Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_fnt_N50_k9Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_str_N50_k10Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_str_N50_k4Inst_1.txt
│   │   │   ├── testNK_str_N50_k5Inst_1.txt
│   │   │   └── testNK_str_N50_k9Inst_1.txt
│   │   ├── ReadFactorGraphFromData.m
│   │   ├── ReadFunctionsFromData.m
│   │   ├── SaveFunctionStructure.m
│   │   └── SaveFunctionValues.m
│   ├── ising-model
│   │   ├── EvalIsing.m
│   │   ├── IsingInstances
│   │   │   ├── SG_100_1.txt
│   │   │   ├── SG_100_2.txt
│   │   │   ├── SG_100_3.txt
│   │   │   ├── SG_100_4.txt
│   │   │   ├── SG_16_1.txt
│   │   │   ├── SG_16_2.txt
│   │   │   ├── SG_16_3.txt
│   │   │   ├── SG_16_4.txt
│   │   │   ├── SG_256_1.txt
│   │   │   ├── SG_256_2.txt
│   │   │   ├── SG_256_3.txt
│   │   │   ├── SG_256_4.txt
│   │   │   ├── SG_36_1.txt
│   │   │   ├── SG_36_3.txt
│   │   │   ├── SG_36_4.txt
│   │   │   ├── SG_400_1.txt
│   │   │   ├── SG_400_2.txt
│   │   │   ├── SG_400_3.txt
│   │   │   ├── SG_400_4.txt
│   │   │   ├── SG_64_1.txt
│   │   │   ├── SG_64_2.txt
│   │   │   ├── SG_64_3.txt
│   │   │   └── SG_64_4.txt
│   │   ├── IsingModel.m
│   │   └── LoadIsing.m
│   ├── protein
│   │   ├── CallBackTracking.m
│   │   ├── CheckConstraint.m
│   │   ├── CreateFibbInitConf.m
│   │   ├── EvalChain.m
│   │   ├── EvalChainFunctional.m
│   │   ├── EvaluateEnergy.m
│   │   ├── EvaluateEnergyFunctional.m
│   │   ├── EvaluateOffHPProtein.m
│   │   ├── HP_newrepairing.m
│   │   ├── HP_repairing.m
│   │   ├── MakePajekGraphOfProtein.m
│   │   ├── NewFeasible.m
│   │   ├── OffFindPos.m
│   │   ├── OffPrintProtein.m
│   │   ├── PrintProtein.m
│   │   └── PutMoveAtPos.m
│   ├── sat
│   │   ├── EvaluateSAT.m
│   │   ├── LoadRandom3SAT.m
│   │   ├── MakeConfObjectivesFormulas.m
│   │   ├── MakeIndObjectivesFormulas.m
│   │   ├── MakeRandomFormulas.m
│   │   ├── MakeVarDepFormulas.m
│   │   └── instances
│   │   ├── uf100-01.cnf
│   │   ├── uf100-02.cnf
│   │   ├── uf100-03.cnf
│   │   ├── uf20-01.cnf
│   │   ├── uf20-02.cnf
│   │   └── uf20-03.cnf
│   └── trajectory
│   ├── EvalSaga.m
│   └── mga_dsm.m
├── knowledge_extraction
│   ├── Amount_of_selection.m
│   ├── BN_Fitness_Corr.m
│   ├── BN_Pop_Prob.m
│   ├── Find_Fitness_Approx.m
│   ├── Generations_entropy.m
│   ├── Individuals_entropy.m
│   ├── Mean_Var_Objectives.m
│   ├── Most_probable_explanations.m
│   ├── ObjectiveDistribution.m
│   ├── Pareto-approximations
│   │   ├── ComputeC_Metric.m
│   │   ├── ComputeDistanceToPoint.m
│   │   ├── ComputeDiversity.m
│   │   └── ComputeSchottsSpacingMetric.m
│   ├── Probability_monitor.m
│   ├── Realized_heritability.m
│   ├── Response_to_selection.m
│   ├── entropy.m
│   └── visualization
│   ├── ClusterUsingCorr.m
│   ├── ClusterUsingDist.m
│   ├── ConvertFromIndex.m
│   ├── ExtractSubstructures.m
│   ├── Find_indexmatrix.m
│   ├── MakePajekDynGraphFromDags.m
│   ├── MakePajekGraphFromDag.m
│   ├── ReadBNStructures.m
│   ├── ReadMNStructures.m
│   ├── ReadStructures.m
│   ├── SelectEdgesToShow.m
│   ├── ShowImage.m
│   ├── ShowParallelCoord.m
│   ├── StructureDataFiles
│   │   ├── DecEx150.txt
│   │   ├── DecEx500.txt
│   │   ├── DecLoc150.txt
│   │   ├── DecLoc500.txt
│   │   ├── ProteinStructsExNR.txt
│   │   ├── ProteinStructsExR.txt
│   │   ├── ProteinStructsLocNR.txt
│   │   ├── ProteinStructsLocR.txt
│   │   ├── SPEx150.txt
│   │   ├── SPEx500.txt
│   │   ├── SPLoc150.txt
│   │   └── SPLoc500.txt
│   ├── ViewDenDroStruct.m
│   ├── ViewEdgDepStruct.m
│   ├── ViewGlyphStruct.m
│   ├── ViewInGenStruct.m
│   ├── ViewPCStruct.m
│   ├── ViewStructures.m
│   ├── ViewStructuresFromFile.m
│   └── ViewSummStruct.m
├── learning
│   ├── CreateMarkovModel.m
│   ├── CreateTreeStructure.m
│   ├── FactAffinity.m
│   ├── FactAffinityElim.m
│   ├── FindMargProb.m
│   ├── FindNeighborhood.m
│   ├── LearnBN.m
│   ├── LearnFDA.m
│   ├── LearnFDAParameters.m
│   ├── LearnGaussianFullModel.m
│   ├── LearnGaussianNetwork.m
│   ├── LearnGaussianUnivModel.m
│   ├── LearnMOAModel.m
│   ├── LearnMOAParameters.m
│   ├── LearnMOAProb.m
│   ├── LearnMargProdModel.m
│   ├── LearnMixtureofFullGaussianModels.m
│   ├── LearnMixtureofUnivGaussianModels.m
│   ├── LearnTModel.m
│   └── LearnTreeModel.m
├── license.gpl
├── local_optimization
│   ├── Greedy_search_OffHP.m
│   └── local_search_OffHP.m
├── ordering
│   ├── ParetoRank_ordering.m
│   ├── Pareto_ordering.m
│   └── fitness_ordering.m
├── otherfiles
│   ├── ClusterPointsAffinity.m
│   ├── ClusterPointsKmeans.m
│   ├── FindAccCard.m
│   ├── FindListCard.m
│   ├── FindListCliqAccCard.m
│   ├── FindParetoSetOld.m
│   ├── IndexconvertCard.m
│   ├── IntMutualInf.m
│   ├── IntMutualInfFromMargProb.m
│   ├── LaplaceEstimator.m
│   ├── NumconvertCard.m
│   ├── apcluster.m
│   ├── reducemat.m
│   └── sus.m
├── readme.txt
├── repairing
│   ├── SetInBounds_repairing.m
│   ├── SetWithinBounds_repairing.m
│   └── Trigom_repairing.m
├── replacement
│   ├── RT_replacement.m
│   ├── best_elitism.m
│   ├── elitism.m
│   └── pop_agregation.m
├── sampling
│   ├── FindMPE.m
│   ├── Find_kMPEs.m
│   ├── MNGibbsGenerateIndividual.m
│   ├── MOAGenerateIndividual.m
│   ├── MOAGeneratePopulation.m
│   ├── SampleBN.m
│   ├── SampleFDA.m
│   ├── SampleGaussianFullModel.m
│   ├── SampleGaussianUnivModel.m
│   ├── SampleMPE_BN.m
│   ├── SampleMixtureofFullGaussianModels.m
│   └── SampleMixtureofUnivGaussianModels.m
├── seeding
│   ├── Bias_Init.m
│   ├── RandomInit.m
│   ├── seed_thispop.m
│   └── seeding_unitation_constraint.m
├── selection
│   ├── FindParetoSet.m
│   ├── NonDominated_selection.m
│   ├── ParetoFront_selection.m
│   ├── exp_selection.m
│   ├── prop_selection.m
│   └── truncation_selection.m
├── statistics
│   └── simple_pop_statistics.m
├── stop_conditions
│   └── maxgen_maxval.m
└── verbose
└── simple_verbose.m

60 directories, 470 files