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开源离散元软件YADE源代码

一般编程问题

下载此实例
  • 开发语言:Others
  • 实例大小:6.56M
  • 下载次数:4
  • 浏览次数:655
  • 发布时间:2021-11-11
  • 实例类别:一般编程问题
  • 发 布 人:js2021
  • 文件格式:.rar
  • 所需积分:2
 

实例介绍

【实例简介】
YADE是一款很好用的开源离散元软件,该源代码是2019年1月的最新版本。 Extensible open-source framework for discrete numerical models, focused on Discrete Element Method. The computation parts are written in c++ using flexible object model, allowing independent implementation of new algorithms and interfaces. Python is used for rapid and concise scene construction, simulation control, postprocessing and debugging.
【实例截图】
【核心代码】
16359647747505830861.rar
└── trunk
├── ChangeLog
├── cMake
│   ├── CombineSources.cmake
│   ├── FindCGAL.cmake
│   ├── FindCholmod.cmake
│   ├── FindCLP.cmake
│   ├── FindCuBlas.cmake
│   ├── FindEigen3.cmake
│   ├── FindGL2PS.cmake
│   ├── Findglib2.cmake
│   ├── FindGMP.cmake
│   ├── FindGMPXX.cmake
│   ├── FindGTS.cmake
│   ├── FindLapack.cmake
│   ├── FindLoki.cmake
│   ├── FindMetis.cmake
│   ├── FindNumPy.cmake
│   ├── FindOpenBlas.cmake
│   ├── FindPythonModule.cmake
│   ├── FindQGLVIEWER-qt4.cmake
│   ├── FindQGLVIEWER-qt5.cmake
│   ├── GetVersion.cmake
│   └── GNUInstallDirs.cmake
├── CMakeLists.txt
├── core
│   ├── BodyContainer.cpp
│   ├── BodyContainer.hpp
│   ├── Body.cpp
│   ├── Body.hpp
│   ├── Bound.hpp
│   ├── Cell.cpp
│   ├── Cell.hpp
│   ├── Clump.cpp
│   ├── Clump.hpp
│   ├── corePlugins.cpp
│   ├── Dispatcher.hpp
│   ├── DisplayParameters.hpp
│   ├── EnergyTracker.hpp
│   ├── Engine.hpp
│   ├── FileGenerator.cpp
│   ├── FileGenerator.hpp
│   ├── ForceContainer.hpp
│   ├── ForceContainerParallel.cpp
│   ├── ForceContainerSerial.cpp
│   ├── FrontEnd.hpp
│   ├── Functor.hpp
│   ├── GLConfig.hpp
│   ├── GlobalEngine.hpp
│   ├── IGeom.hpp
│   ├── InteractionContainer.cpp
│   ├── InteractionContainer.hpp
│   ├── Interaction.cpp
│   ├── Interaction.hpp
│   ├── IPhys.hpp
│   ├── main
│   │   ├── main.py.in
│   │   ├── pyboot.cpp
│   │   ├── yade-batch.in
│   │   └── yade-oar.in
│   ├── Material.cpp
│   ├── Material.hpp
│   ├── Omega.cpp
│   ├── Omega.hpp
│   ├── PartialEngine.hpp
│   ├── Scene.cpp
│   ├── Scene.hpp
│   ├── Shape.hpp
│   ├── SimulationFlow.cpp
│   ├── SimulationFlow.hpp
│   ├── State.cpp
│   ├── State.hpp
│   ├── ThreadRunner.cpp
│   ├── ThreadRunner.hpp
│   ├── ThreadWorker.cpp
│   ├── ThreadWorker.hpp
│   ├── TimeStepper.hpp
│   └── Timing.hpp
├── doc
│   ├── citing_yade.bib
│   ├── how-to-release.md
│   ├── logging.conf.sample
│   ├── README
│   ├── references.bib
│   ├── sphinx
│   │   ├── acousticemissions.rst
│   │   ├── amazonEC2.rst
│   │   ├── bib2rst.py
│   │   ├── book
│   │   │   ├── confBook.py
│   │   │   ├── confManual.py
│   │   │   ├── confReference.py
│   │   │   ├── confTheory.py
│   │   │   └── fullBibliography.rst.in
│   │   ├── citing.rst
│   │   ├── conf.py
│   │   ├── consulting.rst
│   │   ├── FEMxDEM.rst
│   │   ├── fig
│   │   │   ├── AEmagnitudeexample2.png
│   │   │   ├── cell-flip.pdf
│   │   │   ├── cell-flip.png
│   │   │   ├── cell-shear-aabb.ipe
│   │   │   ├── cell-shear-aabb.pdf
│   │   │   ├── cell-shear-aabb.png
│   │   │   ├── clusteredBonds2.png
│   │   │   ├── connect.png
│   │   │   ├── dispatch-loop.pdf
│   │   │   ├── dispatch-loop.svg
│   │   │   ├── funnel.pdf
│   │   │   ├── funnel.png
│   │   │   ├── gnuplot.png
│   │   │   ├── horse.png
│   │   │   ├── hyperboloid.png
│   │   │   ├── instancetype.png
│   │   │   ├── launchinstance.png
│   │   │   ├── localstrain.png
│   │   │   ├── micro-domains.png
│   │   │   ├── paraview-glyph-icon.png
│   │   │   ├── paraview-open-files.png
│   │   │   ├── paraview-rendering-apply.png
│   │   │   ├── particlesVsFactortime.png
│   │   │   ├── pdf2png
│   │   │   ├── predicate-difference.png
│   │   │   ├── publicdns.png
│   │   │   ├── qt-gui.png
│   │   │   ├── schemeNumResolVANS.pdf
│   │   │   ├── shear-2d.pdf
│   │   │   ├── shear-2d.png
│   │   │   ├── shear-displacement.pdf
│   │   │   ├── shear-displacement.png
│   │   │   ├── shear-slip.pdf
│   │   │   ├── shear-slip.png
│   │   │   ├── simple-scene-plot-1.pdf
│   │   │   ├── simple-scene-plot-1.png
│   │   │   ├── simple-scene-plot-2.pdf
│   │   │   ├── simple-scene-plot-2.png
│   │   │   ├── simple-scene-plot-3.pdf
│   │   │   ├── simple-scene-plot-3.png
│   │   │   ├── simple-scene-plot-4.pdf
│   │   │   ├── simple-scene-plot-4.png
│   │   │   ├── spheres-contact-stiffness.pdf
│   │   │   ├── spheres-contact-stiffness.png
│   │   │   ├── spheres-dofs.pdf
│   │   │   ├── spheres-dofs.png
│   │   │   ├── sphere-sphere.pdf
│   │   │   ├── sphere-sphere.png
│   │   │   ├── strengthDists.png
│   │   │   ├── sweep-and-prune.pdf
│   │   │   ├── sweep-and-prune.png
│   │   │   ├── ubunut.png
│   │   │   ├── weibullDists.png
│   │   │   ├── yade-favicon.ico
│   │   │   ├── yade-iter-loop.pdf
│   │   │   ├── yade-iter-loop.svg
│   │   │   ├── yade-logo.png
│   │   │   ├── yade-multi-gnuplot-merged.pdf
│   │   │   ├── yade-multi-gnuplot-merged.svg
│   │   │   ├── yade-multi-gnuplot-single.pdf
│   │   │   ├── yade-multi-gnuplot-single.svg
│   │   │   ├── yade-multi-summary.html
│   │   │   ├── yade-multi-summary.pdf
│   │   │   └── yade-multi-summary.svg
│   │   ├── formulation.rst
│   │   ├── github.rst
│   │   ├── GPUacceleration.rst
│   │   ├── HydroForceEngine.rst
│   │   ├── index-toctree-book.rst
│   │   ├── index-toctree-manuals.rst
│   │   ├── index-toctree_manuals.rst
│   │   ├── index-toctree-reference.rst
│   │   ├── index-toctree.rst
│   │   ├── index-toctree-theory.rst
│   │   ├── installation.rst
│   │   ├── introduction.rst
│   │   ├── ipython_console_highlighting.py
│   │   ├── ipython_directive012.py
│   │   ├── ipython_directive013.py
│   │   ├── ipython_directive200.py
│   │   ├── ipython_directive500.py
│   │   ├── ipython_directive.py
│   │   ├── prog.rst
│   │   ├── publications.rst.in
│   │   ├── README
│   │   ├── references.rst.in
│   │   ├── sitecustomize.py
│   │   ├── static-html
│   │   │   └── README
│   │   ├── templates
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   └── layout.html
│   │   ├── tutorial
│   │   │   ├── 01-bouncing-sphere.py
│   │   │   ├── 02-gravity-deposition.py
│   │   │   ├── 03-oedometric-test.py
│   │   │   ├── 03-oedometric-test.table
│   │   │   ├── 04-periodic-simple-shear.py
│   │   │   ├── 05-3d-postprocessing.py
│   │   │   ├── 06-periodic-triaxial-test.py
│   │   │   ├── make-simulation-video.py
│   │   │   └── peri-triax.py
│   │   ├── tutorial-advanced.rst
│   │   ├── tutorial-data-mining.rst
│   │   ├── tutorial-examples.rst
│   │   ├── tutorial-geo.rst
│   │   ├── tutorial-hands-on.rst
│   │   ├── tutorial-introduction.rst
│   │   ├── tutorial.rst
│   │   ├── upload
│   │   ├── user.rst
│   │   ├── yade.bodiesHandling.rst
│   │   ├── yadeBookSphinx.py
│   │   ├── yade.geom.rst
│   │   ├── yadeSphinx.py
│   │   ├── yadeTechArchive.rst
│   │   └── youtube.py
│   ├── yade-articles.bib
│   ├── yade-conferences.bib
│   ├── yade-docref.bib
│   ├── yade-logo-note.png
│   ├── yade-tech-archive.bib
│   └── yade-theses.bib
├── examples
│   ├── 2D-Tori.py
│   ├── adaptiveintegrator
│   │   ├── simple-scene-plot-NewtonIntegrator.py
│   │   └── simple-scene-plot-RungeKuttaCashKarp54.py
│   ├── agglomerate
│   │   ├── compress.py
│   │   ├── divide.py
│   │   ├── makeCloud.py
│   │   ├── README
│   │   └── simulation.py
│   ├── baraban
│   │   ├── baraban.py
│   │   ├── baraban.stl
│   │   ├── BicyclePedalEngine.py
│   │   └── rotating-cylinder.py
│   ├── billiard.py
│   ├── bouncingbubble.py
│   ├── bulldozer
│   │   ├── bulldozer.py
│   │   ├── bulldozerVTK.py
│   │   └── README
│   ├── capillary
│   │   ├── capillar.py
│   │   └── liquidmigration
│   │   └── showcase.py
│   ├── capillaryLaplaceYoung
│   │   ├── capillaryBridge.py
│   │   ├── CapillaryPhys-example.py
│   │   ├── README.txt
│   │   ├── solveLaplace_uc.m
│   │   ├── solveLaplace_uc.py
│   │   ├── solveLiqBridge.m
│   │   ├── solveLiqBridge.py
│   │   └── writesCapFile.m
│   ├── chained-cylinders
│   │   ├── chained-cylinder-roots.py
│   │   ├── chained-cylinder-spring.py
│   │   └── CohesiveCylinderSphere.py
│   ├── clumps
│   │   ├── addToClump-example.py
│   │   ├── apply-buoyancy-clumps.py
│   │   ├── clump-hopper-test.py
│   │   ├── clump-hopper-viscoelastic.py
│   │   ├── clump-inbox-viscoelastic.py
│   │   ├── clump-viscoelastic.py
│   │   ├── releaseFromClump-example.py
│   │   ├── replaceByClumps-example.py
│   │   ├── save-load-clumps.py
│   │   └── triax-basic-with-clumps.py
│   ├── concrete
│   │   ├── brazilian.py
│   │   ├── confined.table
│   │   ├── interaction-histogram.py
│   │   ├── periodic.py
│   │   ├── README
│   │   ├── triax.py
│   │   ├── uniax-post.py
│   │   └── uniax.py
│   ├── conveyor
│   │   ├── conveyor.geo
│   │   ├── conveyor.mesh
│   │   └── conveyor.py
│   ├── cylinders
│   │   ├── bendingbeams.py
│   │   ├── cylinderconnection-roots.py
│   │   ├── cylinder-cylinder.py
│   │   └── mikado.py
│   ├── deformableelem
│   │   ├── main.py
│   │   ├── Minimal.py
│   │   ├── MinimalTensileTest.py
│   │   ├── model.geo
│   │   ├── model.msh
│   │   ├── model.stl
│   │   ├── ReadMe
│   │   ├── testDeformableBodies_pressure.py
│   │   └── testDeformableBodies.py
│   ├── DeformEngine
│   │   ├── LOedometricDeform.py
│   │   └── OedometricDeform.py
│   ├── FEMxDEM
│   │   ├── biaxialSmooth.py
│   │   ├── footing.msh
│   │   ├── footing.py
│   │   ├── prepareRVE.py
│   │   ├── retainingSmooth.py
│   │   ├── triaxialRough.py
│   │   └── undrain.py
│   ├── FluidCouplingLBM
│   │   ├── Buoyancy_Gradient.m
│   │   ├── buoyancy.py
│   │   └── yadeLBMvisu.m
│   ├── FluidCouplingPFV
│   │   ├── drainage-2PFV-Yuan_and_Chareyre_2017.py
│   │   └── oedometer.py
│   ├── funnel.py
│   ├── grids
│   │   ├── CohesiveGridConnectionSphere.py
│   │   ├── GridConnection_Spring.py
│   │   ├── Simple_GridConnection_Falling.py
│   │   └── Simple_Grid_Falling.py
│   ├── gts-horse
│   │   ├── gts-horse.py
│   │   ├── gts-operators.py
│   │   ├── gts-random-pack-obb.py
│   │   ├── gts-random-pack.py
│   │   └── horse.coarse.gts
│   ├── hdaps.py
│   ├── hourglass
│   │   ├── hourglass.geo
│   │   ├── hourglass.mesh
│   │   └── hourglass.py
│   ├── HydroForceEngine
│   │   ├── INFO
│   │   ├── oneWayCoupling
│   │   │   ├── buoyantParticles.py
│   │   │   ├── fluidizedBed.py
│   │   │   ├── postProcessing_sedim.py
│   │   │   └── sedimentTransportExample.py
│   │   ├── twoWayCoupling
│   │   │   ├── laminarShearFlow.py
│   │   │   ├── postProcessing_sedim.py
│   │   │   └── sedimentTransportExample_1DRANSCoupling.py
│   │   └── validations
│   │   ├── DEMCoupling
│   │   │   ├── Maurinetal2015
│   │   │   │   ├── expData
│   │   │   │   │   ├── Frey2014_EXP14.py
│   │   │   │   │   ├── Frey2014_EXP20.py
│   │   │   │   │   └── Frey2014_EXP6.py
│   │   │   │   ├── postProcessValidMaurin2015.py
│   │   │   │   └── validMaurin2015.py
│   │   │   └── Maurinetal2016_r2d6s2
│   │   │   ├── DATAr2d6s2_Maurinetal2016.py
│   │   │   ├── postProcessing_sedim.py
│   │   │   └── sedimentTransportExample_1DRANSCoupling.py
│   │   └── fluidValidation
│   │   ├── logProfile.py
│   │   └── poiseuille.py
│   ├── jointedCohesiveFrictionalPM
│   │   ├── gravityBis.py
│   │   ├── gravityLoading.py
│   │   ├── gravityLoading_velocityField_arrows.png
│   │   ├── gravityLoading_velocityField_spheres.png
│   │   ├── identifBis.py
│   │   ├── identificationSpheresOnJoint.py
│   │   ├── jointedModel.png
│   │   ├── packInGtsSurface.py
│   │   ├── parallellepiped.gts
│   │   ├── persistentPlane30Deg.stl
│   │   ├── README
│   │   └── testingJoint.py
│   ├── LudingPM
│   │   ├── LudingPM_1.py
│   │   ├── LudingPM_2.py
│   │   └── README
│   ├── mill.py
│   ├── mortar
│   │   └── modelTests
│   │   ├── compression.py
│   │   ├── failureEnvelope.py
│   │   └── shear.py
│   ├── not-working
│   │   ├── facet-topo.py
│   │   ├── insertion-sort-collider.py
│   │   ├── Se3Interpolator.py
│   │   └── triax-identical-results.py
│   ├── oar
│   │   ├── job.sh
│   │   ├── params.table
│   │   └── sim.py
│   ├── packs
│   │   ├── cone.mesh
│   │   ├── foo.spheres
│   │   ├── LSMGenGeo.geo
│   │   ├── packs.geo
│   │   └── packs.py
│   ├── PeriodicBoundaries
│   │   ├── cellFlipping.py
│   │   ├── peri3dController_example1.py
│   │   ├── peri3dController_shear.py
│   │   ├── peri3dController_triaxialCompression.py
│   │   ├── periodic-compress.py
│   │   ├── periodic-grow.py
│   │   ├── periodicSandPile.py
│   │   ├── periodic-shear.py
│   │   ├── periodic-simple.py
│   │   ├── periodic-simple-shear.py
│   │   ├── periodic-triax.py
│   │   └── periodic-triax-settingHsize.py
│   ├── pfacet
│   │   ├── box.gts
│   │   ├── gts-pfacet.py
│   │   ├── mesh-pfacet.py
│   │   ├── octahedron.gts
│   │   ├── pfacetcreators.py
│   │   ├── pFacets_grids_spheres_interacting.py
│   │   ├── sphere.gts
│   │   └── sphere.mesh
│   ├── PIDController.py
│   ├── polyhedra
│   │   ├── ball.py
│   │   ├── clump.py
│   │   ├── free-fall.py
│   │   ├── horse.coarse.gts
│   │   ├── horse.ele
│   │   ├── horse.node
│   │   ├── horse.py
│   │   ├── irregular.py
│   │   ├── sphere-interaction.py
│   │   ├── splitter.py
│   │   ├── tests
│   │   │   ├── interactinDetectionFactor.py
│   │   │   └── scGeom.py
│   │   ├── textExport.py
│   │   └── wall.py
│   ├── polyhedraBreak
│   │   ├── README
│   │   └── uniaxial_compression.py
│   ├── PotentialBlocks
│   │   ├── cubePBscaled.py
│   │   ├── ExampleCubePB_settled.tif
│   │   ├── ExamplePotentialBlock_PostSlide.tif
│   │   ├── joints
│   │   │   └── jointC.csv
│   │   └── WedgeYADE.py
│   ├── PotentialParticles
│   │   ├── basic.py
│   │   └── cubePPscaled.py
│   ├── ResetRandomPosition.py
│   ├── ring2d
│   │   ├── ringCundallDamping.py
│   │   ├── ringSimpleViscoelastic.py
│   │   └── ring.stl
│   ├── rod-penetration
│   │   ├── model.py
│   │   ├── rod-coarse.stl
│   │   ├── rod-fine.stl
│   │   └── rod-tiny.stl
│   ├── rotationalResistance.py
│   ├── simple-scene
│   │   ├── 2SpheresNormVisc.py
│   │   ├── save-then-reload.py
│   │   ├── simple-scene-default-engines.py
│   │   ├── simple-scene-energy-tracking.py
│   │   ├── simple-scene-plot.py
│   │   └── simple-scene.py
│   ├── sph
│   │   ├── box.geo
│   │   ├── box.mesh
│   │   ├── cpt
│   │   │   └── a
│   │   ├── dam_break.py
│   │   ├── README
│   │   ├── sph_box.py
│   │   ├── testKernelFunc.py
│   │   ├── toystar.py
│   │   └── watercolumn.py
│   ├── spheresFactory.py
│   ├── stl-gts
│   │   ├── cone.geo
│   │   ├── convert2stl.sh
│   │   ├── gts-stl.py
│   │   └── README
│   ├── tesselationwrapper
│   │   └── tesselationWrapper.py
│   ├── test
│   │   ├── batch
│   │   │   ├── params.table
│   │   │   └── sim.py
│   │   ├── beam-l6geom.py
│   │   ├── callback.py
│   │   ├── clump-facet.py
│   │   ├── clumpPack.py
│   │   ├── clump.py
│   │   ├── collider-stride.py
│   │   ├── collider-stride-triax.py
│   │   ├── collider-sweep-simple.py
│   │   ├── combined-kinematic-engine.py
│   │   ├── Damping_HM.py
│   │   ├── energy.py
│   │   ├── exact-rot-facet.py
│   │   ├── exact-rot.py
│   │   ├── facet-box.py
│   │   ├── facet-sphere.py
│   │   ├── facet-sphere-ViscElBasic-peri.py
│   │   ├── facet-sphere-ViscElBasic.py
│   │   ├── flat-collider.py
│   │   ├── force-move.py
│   │   ├── force-network-video.py
│   │   ├── genCylLSM.py
│   │   ├── helix.py
│   │   ├── interpolating-force.py
│   │   ├── kinematic.py
│   │   ├── mindlin.py
│   │   ├── multi
│   │   │   ├── multi.out
│   │   │   ├── multi.py
│   │   │   └── multi.table
│   │   ├── pack-cloud.py
│   │   ├── pack-inConvexPolyhedron.py
│   │   ├── pack-predicates.py
│   │   ├── paraview-spheres-solid-section
│   │   │   ├── export_text.py
│   │   │   └── pv_section.py
│   │   ├── performance
│   │   │   ├── checkPerf.py
│   │   │   └── performance.db
│   │   ├── periodic-geom-compare.py
│   │   ├── psd.py
│   │   ├── qt4-attributes.py
│   │   ├── qt4-pyqglviewer.py
│   │   ├── remove-body.py
│   │   ├── shear.py
│   │   ├── sphere-sphere-ViscElBasic-peri.py
│   │   ├── subdomain-balancer.py
│   │   ├── test_Ip2_FrictMat_CpmMat_FrictPhys.py
│   │   ├── test-sphere-facet-corner.py
│   │   ├── test-sphere-facet.py
│   │   ├── triax-basic.py
│   │   ├── triax-cohesive.py
│   │   ├── unv-read
│   │   │   ├── shell.unv
│   │   │   ├── unvRead.py
│   │   │   └── unvReadVTKExport.py
│   │   ├── vtk-exporter
│   │   │   └── vtkExporter.py
│   │   ├── vtkPeriodicCell.py
│   │   ├── wall.py
│   │   ├── WireMatPM
│   │   │   ├── net-2part-displ.py
│   │   │   ├── net-2part-displ-unloading.py
│   │   │   └── net-2part-strain.py
│   │   └── wm3-wrap.py
│   ├── tetra
│   │   ├── oneTetraPoly.py
│   │   ├── oneTetra.py
│   │   ├── twoTetrasPoly.py
│   │   └── twoTetras.py
│   ├── timeStepperUsage.py
│   ├── triax-tutorial
│   │   ├── README
│   │   ├── script-session1.py
│   │   ├── script-session2.py
│   │   ├── session1-basic-triax.pdf
│   │   ├── session2-stress-probing.pdf
│   │   └── triax-table
│   ├── tunnel-pack.py
│   ├── ViscElMatchMaker.py
│   └── WireMatPM
│   ├── wirecontacttest.py
│   ├── wirepackings.py
│   └── wiretensiltest.py
├── gui
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── qt4
│   │   ├── controller.ui
│   │   ├── _GLViewer.cpp
│   │   ├── GLViewer.cpp
│   │   ├── GLViewerDisplay.cpp
│   │   ├── GLViewer.hpp
│   │   ├── GLViewerMouse.cpp
│   │   ├── img.qrc
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── Inspector.py
│   │   ├── OpenGLManager.cpp
│   │   ├── OpenGLManager.hpp
│   │   ├── SerializableEditor.py
│   │   ├── XYZ.png
│   │   ├── XYZ.xpm
│   │   ├── yade-favicon.png
│   │   ├── yade-favicon.xpm
│   │   ├── YZX.png
│   │   ├── YZX.xpm
│   │   ├── ZXY.png
│   │   └── ZXY.xpm
│   └── qt5
│   ├── controller.ui
│   ├── _GLViewer.cpp
│   ├── GLViewer.cpp
│   ├── GLViewerDisplay.cpp
│   ├── GLViewer.hpp
│   ├── GLViewerMouse.cpp
│   ├── img.qrc
│   ├── __init__.py
│   ├── Inspector.py
│   ├── OpenGLManager.cpp
│   ├── OpenGLManager.hpp
│   ├── SerializableEditor.py
│   ├── XYZ.png
│   ├── XYZ.xpm
│   ├── yade-favicon.png
│   ├── yade-favicon.xpm
│   ├── YZX.png
│   ├── YZX.xpm
│   ├── ZXY.png
│   └── ZXY.xpm
├── INSTALL
├── lib
│   ├── base
│   │   ├── Logging.hpp
│   │   ├── Math.cpp
│   │   ├── Math.hpp
│   │   ├── openmp-accu.hpp
│   │   └── Singleton.hpp
│   ├── computational-geometry
│   │   ├── Hull2d.hpp
│   │   ├── MarchingCube.cpp
│   │   └── MarchingCube.hpp
│   ├── factory
│   │   ├── ClassFactory.cpp
│   │   ├── ClassFactory.hpp
│   │   ├── DynLibManager.cpp
│   │   ├── DynLibManager.hpp
│   │   └── Factorable.hpp
│   ├── multimethods
│   │   ├── DynLibDispatcher.hpp
│   │   ├── FunctorWrapper.hpp
│   │   └── Indexable.hpp
│   ├── opengl
│   │   ├── GLUtils.cpp
│   │   ├── GLUtils.hpp
│   │   └── OpenGLWrapper.hpp
│   ├── pyutil
│   │   ├── doc_opts.hpp
│   │   ├── gil.cpp
│   │   ├── gil.hpp
│   │   ├── numpy_boost.hpp
│   │   ├── raw_constructor.hpp
│   │   └── README
│   ├── serialization
│   │   ├── ObjectIO.hpp
│   │   ├── Serializable.cpp
│   │   └── Serializable.hpp
│   ├── smoothing
│   │   ├── LinearInterpolate.hpp
│   │   └── WeightedAverage2d.hpp
│   └── triangulation
│   ├── basicVTKwritter.cpp
│   ├── basicVTKwritter.hpp
│   ├── FlowBoundingSphere.hpp
│   ├── FlowBoundingSphere.ipp
│   ├── FlowBoundingSphereLinSolv.hpp
│   ├── FlowBoundingSphereLinSolv.ipp
│   ├── KinematicLocalisationAnalyser.cpp
│   ├── KinematicLocalisationAnalyser.hpp
│   ├── Network.hpp
│   ├── Network.ipp
│   ├── PeriodicFlow.hpp
│   ├── PeriodicFlowLinSolv.hpp
│   ├── PeriodicFlowLinSolv.ipp
│   ├── RegularTriangulation.h
│   ├── Tenseur3.cpp
│   ├── Tenseur3.h
│   ├── Tesselation.h
│   ├── Tesselation.ipp
│   ├── Timer.cpp
│   ├── Timer.h
│   ├── TriaxialState.cpp
│   └── TriaxialState.h
├── LICENSE
├── pkg
│   ├── common
│   │   ├── Aabb.hpp
│   │   ├── Bo1_Aabb.cpp
│   │   ├── Bo1_Aabb.hpp
│   │   ├── BoundaryController.hpp
│   │   ├── Box.hpp
│   │   ├── Callbacks.hpp
│   │   ├── Collider.cpp
│   │   ├── Collider.hpp
│   │   ├── common.cpp
│   │   ├── Cylinder.cpp
│   │   ├── Cylinder.hpp
│   │   ├── CylScGeom6D.hpp
│   │   ├── Dispatching.cpp
│   │   ├── Dispatching.hpp
│   │   ├── ElastMat.hpp
│   │   ├── Facet.cpp
│   │   ├── Facet.hpp
│   │   ├── FieldApplier.hpp
│   │   ├── ForceEngine.cpp
│   │   ├── ForceEngine.hpp
│   │   ├── ForceResetter.hpp
│   │   ├── Gl1_NormPhys.cpp
│   │   ├── Gl1_NormPhys.hpp
│   │   ├── Gl1_PFacet.cpp
│   │   ├── Gl1_PFacet.hpp
│   │   ├── Gl1_PotentialBlock.cpp
│   │   ├── Gl1_PotentialBlock.hpp
│   │   ├── Gl1_PotentialParticle.cpp
│   │   ├── Gl1_PotentialParticle.hpp
│   │   ├── Gl1_Primitives.cpp
│   │   ├── Gl1_Primitives.hpp
│   │   ├── GLDrawFunctors.hpp
│   │   ├── GravityEngines.cpp
│   │   ├── GravityEngines.hpp
│   │   ├── Grid.cpp
│   │   ├── Grid_GUI.cpp
│   │   ├── Grid.hpp
│   │   ├── HydroForceEngine.cpp
│   │   ├── HydroForceEngine.hpp
│   │   ├── InsertionSortCollider.cpp
│   │   ├── InsertionSortCollider.hpp
│   │   ├── InteractionLoop.cpp
│   │   ├── InteractionLoop.hpp
│   │   ├── KinematicEngines.cpp
│   │   ├── KinematicEngines.hpp
│   │   ├── MatchMaker.cpp
│   │   ├── MatchMaker.hpp
│   │   ├── NormShearPhys.hpp
│   │   ├── OpenGLRenderer.cpp
│   │   ├── OpenGLRenderer.hpp
│   │   ├── ParallelEngine.cpp
│   │   ├── ParallelEngine.hpp
│   │   ├── PeriodicEngines.hpp
│   │   ├── PersistentTriangulationCollider.cpp
│   │   ├── PersistentTriangulationCollider.hpp
│   │   ├── PFacet.cpp
│   │   ├── PFacet.hpp
│   │   ├── PyRunner.hpp
│   │   ├── Recorder.hpp
│   │   ├── ResetRandomPosition.cpp
│   │   ├── ResetRandomPosition.hpp
│   │   ├── SpatialQuickSortCollider.cpp
│   │   ├── SpatialQuickSortCollider.hpp
│   │   ├── SPHEngine.cpp
│   │   ├── SPHEngine.hpp
│   │   ├── Sphere.hpp
│   │   ├── StepDisplacer.hpp
│   │   ├── TorqueEngine.hpp
│   │   ├── Wall.cpp
│   │   ├── Wall.hpp
│   │   ├── ZECollider.cpp
│   │   └── ZECollider.hpp
│   ├── dem
│   │   ├── BlockGen.cpp
│   │   ├── BlockGen.hpp
│   │   ├── BubbleMat.cpp
│   │   ├── BubbleMat.hpp
│   │   ├── CapillaryPhys1.cpp
│   │   ├── CapillaryPhys1.hpp
│   │   ├── CapillaryPhys.cpp
│   │   ├── CapillaryPhys.hpp
│   │   ├── CapillaryStressRecorder.cpp
│   │   ├── CapillaryStressRecorder.hpp
│   │   ├── CohesiveFrictionalContactLaw.cpp
│   │   ├── CohesiveFrictionalContactLaw.hpp
│   │   ├── ConcretePM.cpp
│   │   ├── ConcretePM.hpp
│   │   ├── deformablecohesive
│   │   │   ├── Bo1_DeformableElement_Aabb.cpp
│   │   │   ├── Bo1_DeformableElement_Aabb.hpp
│   │   │   ├── Bo1_Node_Aabb.cpp
│   │   │   ├── Bo1_Node_Aabb.hpp
│   │   │   ├── CohesiveMat.cpp
│   │   │   ├── CohesiveMat.hpp
│   │   │   ├── DeformableCohesiveElement.cpp
│   │   │   ├── DeformableCohesiveElement.hpp
│   │   │   ├── DeformableElement.cpp
│   │   │   ├── DeformableElement.hpp
│   │   │   ├── FEInternalForceDispatchers.cpp
│   │   │   ├── FEInternalForceDispatchers.hpp
│   │   │   ├── FEInternalForceEngine.cpp
│   │   │   ├── FEInternalForceEngine.hpp
│   │   │   ├── Gl1_DeformableElement.cpp
│   │   │   ├── Gl1_DeformableElement.hpp
│   │   │   ├── Gl1_Node.cpp
│   │   │   ├── Gl1_Node.hpp
│   │   │   ├── If2_2xLin4NodeTetra_LinCohesiveStiffPropDampElastMat.cpp
│   │   │   ├── If2_2xLin4NodeTetra_LinCohesiveStiffPropDampElastMat.hpp
│   │   │   ├── If2_Lin4NodeTetra_LinIsoRayleighDampElast.cpp
│   │   │   ├── If2_Lin4NodeTetra_LinIsoRayleighDampElast.hpp
│   │   │   ├── Lin4NodeTetra.cpp
│   │   │   ├── Lin4NodeTetra.hpp
│   │   │   ├── Lin4NodeTetra_Lin4NodeTetra_InteractionElement.cpp
│   │   │   ├── Lin4NodeTetra_Lin4NodeTetra_InteractionElement.hpp
│   │   │   ├── LinElastMat.cpp
│   │   │   ├── LinElastMat.hpp
│   │   │   ├── Node.cpp
│   │   │   └── Node.hpp
│   │   ├── DelaunayInterpolation.hpp
│   │   ├── DemXDofGeom.hpp
│   │   ├── Disp2DPropLoadEngine.cpp
│   │   ├── Disp2DPropLoadEngine.hpp
│   │   ├── DomainLimiter.cpp
│   │   ├── DomainLimiter.hpp
│   │   ├── ElasticContactLaw.cpp
│   │   ├── ElasticContactLaw.hpp
│   │   ├── ElectrostaticMat.cpp
│   │   ├── ElectrostaticMat.hpp
│   │   ├── FacetTopologyAnalyzer.cpp
│   │   ├── FacetTopologyAnalyzer.hpp
│   │   ├── FlatGridCollider.cpp
│   │   ├── FlatGridCollider.hpp
│   │   ├── ForceTorqueRecorder.cpp
│   │   ├── ForceTorqueRecorder.hpp
│   │   ├── FrictPhys.cpp
│   │   ├── FrictPhys.hpp
│   │   ├── FrictViscoPM.cpp
│   │   ├── FrictViscoPM.hpp
│   │   ├── GeneralIntegratorInsertionSortCollider.cpp
│   │   ├── GeneralIntegratorInsertionSortCollider.hpp
│   │   ├── GlobalStiffnessTimeStepper.cpp
│   │   ├── GlobalStiffnessTimeStepper.hpp
│   │   ├── HertzMindlin.cpp
│   │   ├── HertzMindlin.hpp
│   │   ├── Ig2_Box_Sphere_ScGeom.cpp
│   │   ├── Ig2_Box_Sphere_ScGeom.hpp
│   │   ├── Ig2_Facet_Sphere_ScGeom.cpp
│   │   ├── Ig2_Facet_Sphere_ScGeom.hpp
│   │   ├── Ig2_PB_PB_ScGeom.cpp
│   │   ├── Ig2_PB_PB_ScGeom.hpp
│   │   ├── Ig2_PP_PP_ScGeom.cpp
│   │   ├── Ig2_PP_PP_ScGeom.hpp
│   │   ├── Ig2_Sphere_Sphere_ScGeom.cpp
│   │   ├── Ig2_Sphere_Sphere_ScGeom.hpp
│   │   ├── InelastCohFrictPM.cpp
│   │   ├── InelastCohFrictPM.hpp
│   │   ├── Integrator.cpp
│   │   ├── Integrator.hpp
│   │   ├── Ip2_ElastMat.cpp
│   │   ├── Ip2_ElastMat.hpp
│   │   ├── JointedCohesiveFrictionalPM.cpp
│   │   ├── JointedCohesiveFrictionalPM.hpp
│   │   ├── KinemC__Engine.cpp
│   │   ├── KinemC__Engine.hpp
│   │   ├── KinemSimpleShearBox.cpp
│   │   ├── KinemSimpleShearBox.hpp
│   │   ├── KnKsLaw.cpp
│   │   ├── KnKsLaw.hpp
│   │   ├── KnKsPBLaw.cpp
│   │   ├── KnKsPBLaw.hpp
│   │   ├── L3Geom.cpp
│   │   ├── L3Geom.hpp
│   │   ├── Law2_ScGeom_CapillaryPhys_Capillarity1.cpp
│   │   ├── Law2_ScGeom_CapillaryPhys_Capillarity1.hpp
│   │   ├── Law2_ScGeom_CapillaryPhys_Capillarity.cpp
│   │   ├── Law2_ScGeom_CapillaryPhys_Capillarity.hpp
│   │   ├── Lubrication.cpp
│   │   ├── Lubrication.hpp
│   │   ├── LudingPM.cpp
│   │   ├── LudingPM.hpp
│   │   ├── MeasureCapStress.cpp
│   │   ├── MeasureCapStress.hpp
│   │   ├── MicroMacroAnalyser.cpp
│   │   ├── MicroMacroAnalyser.hpp
│   │   ├── MortarMat.cpp
│   │   ├── MortarMat.hpp
│   │   ├── NewtonIntegrator.cpp
│   │   ├── NewtonIntegrator.hpp
│   │   ├── PDFEngine.cpp
│   │   ├── PDFEngine.hpp
│   │   ├── PeriIsoCompressor.cpp
│   │   ├── PeriIsoCompressor.hpp
│   │   ├── Polyhedra.cpp
│   │   ├── Polyhedra.hpp
│   │   ├── Polyhedra_Ig2.cpp
│   │   ├── Polyhedra_Ig2.hpp
│   │   ├── Polyhedra_splitter.cpp
│   │   ├── Polyhedra_splitter.hpp
│   │   ├── Polyhedra_support.cpp
│   │   ├── PotentialBlock2AABB.cpp
│   │   ├── PotentialBlock2AABB.hpp
│   │   ├── PotentialBlock.cpp
│   │   ├── PotentialBlock.hpp
│   │   ├── PotentialParticle2AABB.cpp
│   │   ├── PotentialParticle2AABB.hpp
│   │   ├── PotentialParticle.cpp
│   │   ├── PotentialParticle.hpp
│   │   ├── RockBolt.cpp
│   │   ├── RockBolt.hpp
│   │   ├── RockLiningGlobal.cpp
│   │   ├── RockLiningGlobal.hpp
│   │   ├── RungeKuttaCashKarp54Integrator.cpp
│   │   ├── RungeKuttaCashKarp54Integrator.hpp
│   │   ├── SampleCapillaryPressureEngine.cpp
│   │   ├── SampleCapillaryPressureEngine.hpp
│   │   ├── ScGeom.cpp
│   │   ├── ScGeom.hpp
│   │   ├── Shop_01.cpp
│   │   ├── Shop_02.cpp
│   │   ├── Shop.hpp
│   │   ├── SimpleShear.cpp
│   │   ├── SimpleShear.hpp
│   │   ├── SnapshotEngine.cpp
│   │   ├── SnapshotEngine.hpp
│   │   ├── SpherePack.cpp
│   │   ├── SpherePack.hpp
│   │   ├── SpheresFactory.cpp
│   │   ├── SpheresFactory.hpp
│   │   ├── STLImporter.cpp
│   │   ├── STLImporter.hpp
│   │   ├── TesselationWrapper.cpp
│   │   ├── TesselationWrapper.hpp
│   │   ├── Tetra.cpp
│   │   ├── Tetra.hpp
│   │   ├── ThreeDTriaxialEngine.cpp
│   │   ├── ThreeDTriaxialEngine.hpp
│   │   ├── TriaxialCompressionEngine.cpp
│   │   ├── TriaxialCompressionEngine.hpp
│   │   ├── TriaxialStateRecorder.cpp
│   │   ├── TriaxialStateRecorder.hpp
│   │   ├── TriaxialStressController.cpp
│   │   ├── TriaxialStressController.hpp
│   │   ├── TriaxialTest.cpp
│   │   ├── TriaxialTest.hpp
│   │   ├── UnbalancedForceCallbacks.cpp
│   │   ├── UnbalancedForceCallbacks.hpp
│   │   ├── UniaxialStrainer.cpp
│   │   ├── UniaxialStrainer.hpp
│   │   ├── ViscoelasticCapillarPM.cpp
│   │   ├── ViscoelasticCapillarPM.hpp
│   │   ├── ViscoelasticPM.cpp
│   │   ├── ViscoelasticPM.hpp
│   │   ├── VTKRecorder.cpp
│   │   ├── VTKRecorder.hpp
│   │   ├── WirePM.cpp
│   │   └── WirePM.hpp
│   ├── lbm
│   │   ├── HydrodynamicsLawLBM.cpp
│   │   ├── HydrodynamicsLawLBM.hpp
│   │   ├── LBMbody.hpp
│   │   ├── LBMlink.hpp
│   │   ├── LBMnode.cpp
│   │   └── LBMnode.hpp
│   └── pfv
│   ├── DFNFlow.cpp
│   ├── DummyFlowEngine.cpp
│   ├── FlowEngine.cpp
│   ├── FlowEngine.hpp
│   ├── FlowEngine.hpp.in
│   ├── FlowEngine.ipp.in
│   ├── PeriodicFlowEngine.cpp
│   ├── SoluteFlowEngine.cpp
│   ├── Thermal.cpp
│   ├── Thermal.hpp
│   ├── TwoPhaseFlowEngine.cpp
│   ├── TwoPhaseFlowEngine.hpp
│   └── UnsaturatedEngine.cpp
├── py
│   ├── 3rd-party
│   │   ├── mtTkinter-0.4
│   │   │   ├── gpl.txt
│   │   │   ├── lgpl.txt
│   │   │   └── mtTkinter.py
│   │   ├── pygts-0.3.1
│   │   │   ├── cleanup.c
│   │   │   ├── cleanup.h
│   │   │   ├── edge.c
│   │   │   ├── edge.h
│   │   │   ├── face.c
│   │   │   ├── face.h
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── object.c
│   │   │   ├── object.h
│   │   │   ├── point.c
│   │   │   ├── point.h
│   │   │   ├── pygts.c
│   │   │   ├── pygts.h
│   │   │   ├── pygts.py
│   │   │   ├── segment.c
│   │   │   ├── segment.h
│   │   │   ├── surface.c
│   │   │   ├── surface.h
│   │   │   ├── triangle.c
│   │   │   ├── triangle.h
│   │   │   ├── vertex.c
│   │   │   └── vertex.h
│   │   └── README
│   ├── bodiesHandling.py
│   ├── CMakeLists.txt
│   ├── config.py.in
│   ├── deformableelementsutils.py
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│   ├── _extraDocs.py
│   ├── FEMxDEM
│   │   ├── mpipool.py
│   │   ├── msFEM2D.py
│   │   ├── msFEM3D.py
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│   │   ├── saveGauss.py
│   │   └── simDEM.py
│   ├── geom.py
│   ├── gridpfacet.py
│   ├── __init__.py.in
│   ├── linterpolation.py
│   ├── pack
│   │   ├── _packObb.cpp
│   │   ├── _packPredicates.cpp
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│   │   └── _packSpheres.cpp
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│   ├── _polyhedra_utils.cpp
│   ├── polyhedra_utils.py
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│   ├── tests
│   │   ├── clump.py
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│   │   ├── __init__.py
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│   │   └── wrapper.py
│   ├── timing.py
│   ├── _utils.cpp
│   ├── _utils.hpp
│   ├── utils.py
│   ├── WeightedAverage2d.cpp
│   ├── wrapper
│   │   ├── customConverters.cpp
│   │   └── yadeWrapper.cpp
│   └── ymport.py
├── README.rst
└── scripts
├── build-infrastructure
│   ├── build-farm
│   └── master.cfg
├── checks-and-tests
│   ├── checks
│   │   ├── checkCapillaryModels.py
│   │   ├── checkClumpHopper.py
│   │   ├── checkGravity.py
│   │   ├── checkLiquidMigration.py
│   │   ├── checkList.py
│   │   ├── checkPolyhedraCrush.py
│   │   ├── checkSaveLoadClumps.py
│   │   ├── checkTestDummy.py
│   │   ├── checkTestTriax.py
│   │   ├── checkViscElEng.py
│   │   ├── checkViscElPM2.py
│   │   ├── checkViscElPM.py
│   │   ├── checkWeight.py
│   │   ├── checkWirePM.py
│   │   ├── data
│   │   │   ├── 100spheres
│   │   │   ├── checkTestTriax.spheres
│   │   │   └── WallStressesCheckTest
│   │   ├── DEM-PFV-check.py
│   │   └── README
│   ├── collider-perf
│   │   ├── mkGraph.py
│   │   ├── perf.py
│   │   ├── perf.table
│   │   └── README
│   ├── compare-identical.py
│   ├── dispatcher-torture.py
│   ├── law-test.py
│   ├── serialization-benchmark.py
│   └── triax-perf
│   ├── mkTextTable.sh
│   ├── triax-perf.ods
│   ├── triax-perf.py
│   └── triax-perf.table
├── erskine3-apply.sh
├── erskine3.py
├── fix-plugin-names.py
├── gl-test.py
├── linkdeps.py
├── pbuilder-test-distributions.sh
├── ppa
│   ├── buildppa.py
│   └── ppa.config
├── py2wiki.py
├── README
├── rename-class.py
├── RPM_packaging
│   ├── exclude-rpath-patch
│   ├── exclude-rpath-patch-060
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│   └── yade.spec
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