实例介绍
【实例简介】
pajek中文教程,Pajek是大型复杂网络分析工具，是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具。Pajek在Windows环境下运行，用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。
目录 1 Pajek介绍 2数据对象. 3主窗∏L具栏 1377 3.1File(文件) 3.2Nct(网络) 33Nes(网) 34 Operation(操作) 8 35 Partition(分类) …134 3.6 Partitions(分类) 37 Vcctor(向量) 38 Vectors(向量) 3.9 Permutation(排序) 37 3.10 Cluster(类) 里, …37 3.1 Hierarchy(层次) 37 3.12 Options(选项 38 3.13Info(信息)40 3.14Tol!(工具)… 40 4绘图窗凵工具 4.1主窗口绘图工具… 42 42 Layout(布局) 4.3 Layers(图层) 44 Graphonly(仅图形) 45 Previous(退回到前一次操作) 44 4.6 Redraw(重绘) 4.7Next(下一步) t““自 48 Options(选项) 45 49 Export(导出) …47 40Spin(旋转) 49 4.1 I Move(移动) 412Info(信息)… 49 5 Exports to EPS/SVG/VRML 5. Defaults(默认值)… 52 Parameters in EPS, SVG and vrml defaults window(在 EPS/SVG/VRM默认窗口中 的参数) 53 Exporting Pictures to EPS/SⅤG—在输入文件中定义参数52 6在 Pajek中使用 Macros(宏 6.1什么是Maro(宏)? 57 62怎样标明一段宏? 6.3如何运行宏? 57 6.4例子. 57 6.5重复最后的命令 附加信息 Paiek -Manual 1 Pajek介绍 Pajek运行在 Windows环境,用于带上千及至数百万个结点人型网络的分析和可视化 操作。在斯洛文尼亚语中 Pajek是蜘蛛的意思。最新 Pajek版本通过以下途径获取,但限于 非商业用途 http://vlado.fmfuni-ii.si/Pub/networks/pajek/ 我们于1996年11月应用 Delphi( Pasca)语言,开始开发Paek,其中的一些程序山Maiz Zaversnik提供 当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式吋,我们萌发了开发 Pajek的动机。 Pajek 向以下网络提供分析和可视化操作工具:合著网、化学有机分子、蛋臼质受体交互网、家谱、 因特网、引文网、传播网(AIDS,新闻,创新)、数据挖掘(2-mode网)等。大型网络集 在这里也可找到: help: //vlado fnf.uni-Ii si/pub/networks/data/ 对 Pajek的设计工作,得益于我们先前的开发经历:包括开发 gragh数据结构,以及 Gragh和x- graph的算法库,集成Sran, Recalc,Draw,nerg,以及基于SGML的图形描述 语言NeML等的经历。 htlp: //vlado. fmL. uni-Ii si/pub/networks/default. htm 图 k/蜘蛛 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 2 全局 层级 局域 简化 切除 背景 图2:处珄大型网络的途径 设计 Pajek的主要目的: ●支持将大型网络分解成几个较小的网络,以便使用更历久的方法进一步处理; ●向作用者提供一些强大的可视化操作工具 ·执行分析人型网络有效算法( subquadratic) 通过 Pajek可完成以下工作:在一个网络中搜索类(组成,重要结点的邻居,核等); 析取属于同一类的结点,并分别地显示出米,或者反映出结点的连接关系(更具体的局域视 角);在类内收缩结点,并显示类之间的关系(全局视角)。 除普通网络(有向、无向、混合网络)外, Pajek还支持多关系网络,2-mode网络(二 分(二值)图—网终由两类异质结点构成),以及暂时性网络(动态图一网终随时间演化 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual STAIGTI ANII INT吧A異配Es|2 Explorato with Pajek nalysis Social netwo wouter de Nooy Andre mey 图3: Pajek教材 此手册简单地解释了运行于最新版本 Pajek上的所有程序。我们建议初学者阅读以下 Pjek教材: de nooy w, Mrvar A, Batagelj v(2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge university press, 2005 希望对使用 Pajek进行网络分析有一个概览,请阅读NC'IA工作室的幻灯片: Batagelj V. Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14 to 17 Juine 2005;at Nicta(nationalIcTAustralia).http://vlado.fmfuni-ii.silpuB/networks/doc/#nicta 数据对象 Pajek是专门用来分析大型网络(含有成百上千个结点)的专用程序。包含如下六 种参数 酬Pajk File Ne Maro Into Tors Transpose Rando Netwok t higher t Cui path between 2 vertices 2-ModE 2 1-P/ode b itical pat Method -cPr Iria gles Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 4 图4: Pajek主窗口 1. Networks(网络)一主要对象(结点和边)。默认扩展名为:,nct。在输入文件中, 网络有多种表现方法 利用弧线边(如:12-从1到2的连线) 利用弧线列表/边序列(如:123一从1到2的连线和从1到3的连线 ·矩阵格式 UCINET, GEDCOM,化学式 关于闷络绘制的史详细的信息包含在输入文件中,在 Exports to EPS/ SVG/VRML章 节中对此有相关介绍 2. Partitions(分类)一它指明了每个结点分别属于哪个类,默认扩展名为:c1u 3. Permutations(排序)一将结点重新排列,默认扩展名:.per 4. Clusters(类)一结点的子集(如:米自分类中的一个类)。默认扩展名:.cls。 5. Hierarchies(层次)一按层次关系排列的结点,例: R○ot 1 2 g11g12V5,v6,V7 v1,2V3,v4 根结点Root下面有两个子群g1和g2。g2是一个叶结点,包含v5、V6、三个 结点。g1又包含两个子群-g11和g12..默认扩展名:hie 6. Vectors(向量)一指明每个结点只有的数字属性(实数)。默认扩展名:vec 双击所选的网终、分类..可以在屏幕上显示这个对象。 pajek主窗口中的程序(见图4)是根据输入时的数据类型来组织编排的 排序、分类和向量用」分别从不同角度反映结点的性质,例如结点组织顺序、类别 和数字特怛 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 5 Figure 5: Spider web; Photo: Vladimir Batagelj Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 6 Hat at< nerat FAγ+1inr Perml1+ at Hi h Metw3r上 bHead Export Matrix to 3Ps k lt fil Clueter Hierarchy 6 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 3主窗口工具栏 31File(文件) 六种数据对象的输入输出操作 ●网络 network-N Read(读)一从Asci文件中读取网络 Edit(编辑网终)一选择结点,显小其邻居,然后: 添加新边到选定结点(在新边上双击鼠标左键) *朋除边(双击左键) *更改边的属性值(单击右键) 通过增加不可见的新结点将边细分为两条相互垂直的边(单击鼠标中键) Save一保存网络为Asci文件 Export Matrix to EPS(将矩阵输出为EPS)一用EPS格式生成矩阵 * Original(普通)一利用默认的计数方法(适合1-Mode和2-Mode网终) 本 Using permutation(排序)一利用当前排序。通过绘制附加线来区分选中的分类 中不同的类。比选项适合于1-Moe和2-Mode网络。如果在2-Mode网络中绘制附 加线,则需要首先定义从属分类和以包含的类作为第二个分区的分区(在分类菜单 中) * Using partition(分类)一利用当前的分类。在记录窗∏中列出了不同的类中边 的数日和密度(以及所选的两个类中的结点)。另外,当密度用阴影图表示时,矩 阵被输出到EPS。 l. Structural(结构化)一根据类闩最大可能的连边数目来定义密度(适合 密度网络图) 2 Delta(三角化)一根据拥有最大的输入和输出邻居结点数来定义密度(适合 于稀疏网终)。 * only black borders(只有黑色边框)一如果被检测到,则矩阵中的所有方阵都将 有黑色边框,否则,黑色边框将会变成白的,明亮的边框会变成黑色的 Change Label修改选定网络的标签 dispose从内存中删除所选的网络。 表1:时间事件列表 事件 注释 原始事件一后续事件从时间点t廾始发生 TE t 终止事件一当时间点t结束后发牛 AV vns 添加标签为n,属性为s结点v HV Y 隐癜结点ⅴ SVV 显示结 DⅤV 删除结点ⅴ Aa uvs 添加具有属性s的弧线(u,v) Pajck 1 16/October 4, 2006 【实例截图】
【核心代码】
pajek中文教程,Pajek是大型复杂网络分析工具，是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具。Pajek在Windows环境下运行，用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。
目录 1 Pajek介绍 2数据对象. 3主窗∏L具栏 1377 3.1File(文件) 3.2Nct(网络) 33Nes(网) 34 Operation(操作) 8 35 Partition(分类) …134 3.6 Partitions(分类) 37 Vcctor(向量) 38 Vectors(向量) 3.9 Permutation(排序) 37 3.10 Cluster(类) 里, …37 3.1 Hierarchy(层次) 37 3.12 Options(选项 38 3.13Info(信息)40 3.14Tol!(工具)… 40 4绘图窗凵工具 4.1主窗口绘图工具… 42 42 Layout(布局) 4.3 Layers(图层) 44 Graphonly(仅图形) 45 Previous(退回到前一次操作) 44 4.6 Redraw(重绘) 4.7Next(下一步) t““自 48 Options(选项) 45 49 Export(导出) …47 40Spin(旋转) 49 4.1 I Move(移动) 412Info(信息)… 49 5 Exports to EPS/SVG/VRML 5. Defaults(默认值)… 52 Parameters in EPS, SVG and vrml defaults window(在 EPS/SVG/VRM默认窗口中 的参数) 53 Exporting Pictures to EPS/SⅤG—在输入文件中定义参数52 6在 Pajek中使用 Macros(宏 6.1什么是Maro(宏)? 57 62怎样标明一段宏? 6.3如何运行宏? 57 6.4例子. 57 6.5重复最后的命令 附加信息 Paiek -Manual 1 Pajek介绍 Pajek运行在 Windows环境,用于带上千及至数百万个结点人型网络的分析和可视化 操作。在斯洛文尼亚语中 Pajek是蜘蛛的意思。最新 Pajek版本通过以下途径获取,但限于 非商业用途 http://vlado.fmfuni-ii.si/Pub/networks/pajek/ 我们于1996年11月应用 Delphi( Pasca)语言,开始开发Paek,其中的一些程序山Maiz Zaversnik提供 当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式吋,我们萌发了开发 Pajek的动机。 Pajek 向以下网络提供分析和可视化操作工具:合著网、化学有机分子、蛋臼质受体交互网、家谱、 因特网、引文网、传播网(AIDS,新闻,创新)、数据挖掘(2-mode网)等。大型网络集 在这里也可找到: help: //vlado fnf.uni-Ii si/pub/networks/data/ 对 Pajek的设计工作,得益于我们先前的开发经历:包括开发 gragh数据结构,以及 Gragh和x- graph的算法库,集成Sran, Recalc,Draw,nerg,以及基于SGML的图形描述 语言NeML等的经历。 htlp: //vlado. fmL. uni-Ii si/pub/networks/default. htm 图 k/蜘蛛 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 2 全局 层级 局域 简化 切除 背景 图2:处珄大型网络的途径 设计 Pajek的主要目的: ●支持将大型网络分解成几个较小的网络,以便使用更历久的方法进一步处理; ●向作用者提供一些强大的可视化操作工具 ·执行分析人型网络有效算法( subquadratic) 通过 Pajek可完成以下工作:在一个网络中搜索类(组成,重要结点的邻居,核等); 析取属于同一类的结点,并分别地显示出米,或者反映出结点的连接关系(更具体的局域视 角);在类内收缩结点,并显示类之间的关系(全局视角)。 除普通网络(有向、无向、混合网络)外, Pajek还支持多关系网络,2-mode网络(二 分(二值)图—网终由两类异质结点构成),以及暂时性网络(动态图一网终随时间演化 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual STAIGTI ANII INT吧A異配Es|2 Explorato with Pajek nalysis Social netwo wouter de Nooy Andre mey 图3: Pajek教材 此手册简单地解释了运行于最新版本 Pajek上的所有程序。我们建议初学者阅读以下 Pjek教材: de nooy w, Mrvar A, Batagelj v(2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge university press, 2005 希望对使用 Pajek进行网络分析有一个概览,请阅读NC'IA工作室的幻灯片: Batagelj V. Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14 to 17 Juine 2005;at Nicta(nationalIcTAustralia).http://vlado.fmfuni-ii.silpuB/networks/doc/#nicta 数据对象 Pajek是专门用来分析大型网络(含有成百上千个结点)的专用程序。包含如下六 种参数 酬Pajk File Ne Maro Into Tors Transpose Rando Netwok t higher t Cui path between 2 vertices 2-ModE 2 1-P/ode b itical pat Method -cPr Iria gles Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 4 图4: Pajek主窗口 1. Networks(网络)一主要对象(结点和边)。默认扩展名为:,nct。在输入文件中, 网络有多种表现方法 利用弧线边(如:12-从1到2的连线) 利用弧线列表/边序列(如:123一从1到2的连线和从1到3的连线 ·矩阵格式 UCINET, GEDCOM,化学式 关于闷络绘制的史详细的信息包含在输入文件中,在 Exports to EPS/ SVG/VRML章 节中对此有相关介绍 2. Partitions(分类)一它指明了每个结点分别属于哪个类,默认扩展名为:c1u 3. Permutations(排序)一将结点重新排列,默认扩展名:.per 4. Clusters(类)一结点的子集(如:米自分类中的一个类)。默认扩展名:.cls。 5. Hierarchies(层次)一按层次关系排列的结点,例: R○ot 1 2 g11g12V5,v6,V7 v1,2V3,v4 根结点Root下面有两个子群g1和g2。g2是一个叶结点,包含v5、V6、三个 结点。g1又包含两个子群-g11和g12..默认扩展名:hie 6. Vectors(向量)一指明每个结点只有的数字属性(实数)。默认扩展名:vec 双击所选的网终、分类..可以在屏幕上显示这个对象。 pajek主窗口中的程序(见图4)是根据输入时的数据类型来组织编排的 排序、分类和向量用」分别从不同角度反映结点的性质,例如结点组织顺序、类别 和数字特怛 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 5 Figure 5: Spider web; Photo: Vladimir Batagelj Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 6 Hat at< nerat FAγ+1inr Perml1+ at Hi h Metw3r上 bHead Export Matrix to 3Ps k lt fil Clueter Hierarchy 6 Pajck 1 16/October 4, 2006 Paiek -Manual 3主窗口工具栏 31File(文件) 六种数据对象的输入输出操作 ●网络 network-N Read(读)一从Asci文件中读取网络 Edit(编辑网终)一选择结点,显小其邻居,然后: 添加新边到选定结点(在新边上双击鼠标左键) *朋除边(双击左键) *更改边的属性值(单击右键) 通过增加不可见的新结点将边细分为两条相互垂直的边(单击鼠标中键) Save一保存网络为Asci文件 Export Matrix to EPS(将矩阵输出为EPS)一用EPS格式生成矩阵 * Original(普通)一利用默认的计数方法(适合1-Mode和2-Mode网终) 本 Using permutation(排序)一利用当前排序。通过绘制附加线来区分选中的分类 中不同的类。比选项适合于1-Moe和2-Mode网络。如果在2-Mode网络中绘制附 加线,则需要首先定义从属分类和以包含的类作为第二个分区的分区(在分类菜单 中) * Using partition(分类)一利用当前的分类。在记录窗∏中列出了不同的类中边 的数日和密度(以及所选的两个类中的结点)。另外,当密度用阴影图表示时,矩 阵被输出到EPS。 l. Structural(结构化)一根据类闩最大可能的连边数目来定义密度(适合 密度网络图) 2 Delta(三角化)一根据拥有最大的输入和输出邻居结点数来定义密度(适合 于稀疏网终)。 * only black borders(只有黑色边框)一如果被检测到,则矩阵中的所有方阵都将 有黑色边框,否则,黑色边框将会变成白的,明亮的边框会变成黑色的 Change Label修改选定网络的标签 dispose从内存中删除所选的网络。 表1:时间事件列表 事件 注释 原始事件一后续事件从时间点t廾始发生 TE t 终止事件一当时间点t结束后发牛 AV vns 添加标签为n,属性为s结点v HV Y 隐癜结点ⅴ SVV 显示结 DⅤV 删除结点ⅴ Aa uvs 添加具有属性s的弧线(u,v) Pajck 1 16/October 4, 2006 【实例截图】
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